Sedute di esame

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Le sedute di esame per Sicurezza e conservazione degli alimenti, Microbiologia degli alimenti, Microbiologia lattiero-casearia (disattivato)  e Microbiologia degli alimenti fermentati (disattivato) sono previste una volta al mese (tranne agosto). Per Microbiologia degli alimenti sono responsabile della commissione da Marzo 2020: gli studenti fuori corso che hanno seguito nell’AA 2018-2019 o precedenti e che devono ancora sostenere l’esame devono consultare questo post. Le date di esame sono (salvo incidenti ed imprevisti)inserite su ESSE3 ed è possible cercarle con questo modulo. Continue reading

pigR, seconda edizione

La seconda edizione di “pigR: R per pigri”, edito dalla Basilicata University Press è disponibile a questo link. A differenza della prima edizione, dalla versione on-line è possibile accedere anche alle versioni .pdf e ePub. Il codice è disponibile nel repository su GitHub.

Dalla copertina: Questo materiale (pigR: R per pigri) nasce da diversi anni di esperienza (frustrante) di insegnamento di corsi di “Statistical computing with R”1 per dottorandi di ricerca. È destinato soprattutto a chi si occupa di scienze sperimentali e parte da una conoscenza limitata sia della statistica che dell’uso di linguaggi e ambienti di programmazione, e ha la necessità (per varie ragioni) di passare a qualcosa di più complesso, e di farlo nel minor tempo possibile. Il testo potrebbe anche essere utile a chi si occupa di digital humanities.

L’idea è:

  • fornire una visione di insieme di R come linguaggio/ambiente e della sua utilità
  • aiutare gli utenti (potenziali) a individuare le proprie necessità
  • fornire percorsi guidati per set di necessità “standard” e per livelli diversi di interazione, indicando agli utenti le risorse migliori (ovviamente, le migliori secondo me)

L’approccio è quello di fornire il minimo indispensabile di informazioni per consentire un apprendimento rapido ed efficace, ma, al tempo stesso, tracciare una sorta di mappa (soprattutto con l’uso di hyperlink e note2) per navigare in quel Mare magnum che è la documentazione (libri, siti web, forum, etc.) su R come linguaggio e sull’analisi grafica e statistica con R per le scienze sperimentali e non solo. Si tratta quindi di un approccio sostanzialmente pragmatico che probabilmente farà arricciare più di un naso (e qualche coda), ma la mia sincera speranza è che risparmi qualche esperienza frustrante.
Anche per queste ragioni ho preso la (sofferta) decisione di spostare il capitolo sul data wrangling e sulla programmazione alla fine del libro. Molti testi online (come Just enough RYaRrr!, etc.), che hanno lo scopo di permettere agli utenti di iniziare a usare R per la grafica e per la statistica il più rapidamente possibile, non hanno un capitolo specifico sulla programmazione e sul data wrangling. Al contrario, altri, con maggiore enfasi sulla scienza dei dati (come R for data science, o Statistical inference via data science) dedicano capitoli specifici a questi argomenti. Infine, negli ultimi anni l’esplosione dei Large Language Models come ChatGPT, Gemini e, in particolare Claude, oltre all’integrazione di assistenti basati sull’intelligenza artificiale in tutti i principali software e ambienti di programmazione3 hanno illusoriamente semplificato la scrittura di codice per l’analisi dei dati per i principianti (e anche, perché no, dei professionisti). Diventa quindi sempre più difficile convincere i più pigri che, anche per usare un assistente AI, qualcosa di programmazione bisogna capirla… Nella mia esperienza, gli utenti più inesperti e privi di un background in informatica trovano la parte sulla programmazione “respingente”, anche quando sono interessati a usare R per l’elaborazione statistica, probabilmente perché non ne riescono a comprendere l’utilità. Per questo illustrerò, quando serve, qualche funzione essenziale per la manipolazione dei dati e la programmazione e lasciando alla fine il resto (che poi è tanta roba).
Una nota finale sugli esempi: per comprendere l’uso di R occorre studiare degli esempi di codice, che includono l’uso di set di dati. R base e tutti i pacchetti includono questi set di dati che solo raramente sono dati collegati in qualche modo alle diverse branche della biologia4. Per semplificare le cose e diminuire il rischio che i dati proposti in questo libro scompaiano, ho preferito usare set di dati inclusi nei pacchetti di R.

Making the most of FoodMicrobionet – a webinar

It is almost time for the webinar, which will take place on Tuesday, April 21st, 2026 15:00 CET (this is to allow people from the USA and Alberta to attend without having to wake up before sunrise…). A few things worth knowing:

  • you can find FoodMicrobionet and related scripts in my GitHub repository. You may want to check out how to clone a repository, and how to download a folder or a raw file.
  • you can find a downloadable version of the ShinyFMBN app on Mendeley data and on GitHub: you are strongly encouraged to download the app because running it locally is much faster
  • you can run the app on Shinyapps.io by clicking on this link
  • further resources (studies with ASVs) are available on Zenodo
  • I will make available more example scripts next week so check the GitHub repository just before the webinar for the most recent version of the scripts
  • the recording is available here and here (I forgot to record part of the meeting)

If you are one of the few people left in the world who still reads manuals:

  • Table specifications for FoodMicrobionet are here
  • Instruction manual for the ShinyFMBN app are here

Please note: I will be accepting people in the webinar (you should be logged in the browser with the address you have used for registering) in the first 15 minutes

The following scientific papers are related to FoodMicrobionet

  • Parente, E., Cocolin, L., Filippis, F.D., Zotta, T., Ferrocino, I., O’Sullivan, O., Neviani, E., Angelis, M.D., Cotter, P.D., Ercolini, D., 2016. FoodMicrobionet: A database for the visualisation and exploration of food bacterial communities based on network analysis. International Journal of Food Microbiology 219, 28–37. https://doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2015.12.001
  • Parente, E., Filippis, F.D., Ercolini, D., Ricciardi, A., Zotta, T., 2019. Advancing integration of data on food microbiome studies: FoodMicrobionet 3.1, a major upgrade of the FoodMicrobionet database. International Journal of Food Microbiology 305, 108249. https://doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2019.108249
  • Parente, E., Ricciardi, A., Zotta, T., 2020. The microbiota of dairy milk: A review. Int Dairy J 107, 104714. https://doi.org/10.1016/j.idairyj.2020.104714
  • Parente, E., Zotta, T., Ricciardi, A., 2021. Microbial association networks in cheese: a meta-analysis. Biorxiv 2021.07.21.453196. https://doi.org/10.1101/2021.07.21.453196
  • Zotta, T., Ricciardi, A., Condelli, N., Parente, E., 2022. Metataxonomic and metagenomic approaches for the study of undefined strain starters for cheese manufacture. Crit Rev Food Sci 62, 3898–3912. https://doi.org/10.1080/10408398.2020.1870927
  • Parente, E., Zotta, T., Ricciardi, A., 2022. A review of methods for the inference and experimental confirmation of microbial association networks in cheese. Int J Food Microbiol 368, 109618. https://doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2022.109618
  • Parente, E., Zotta, T., Ricciardi, A., 2022. FoodMicrobionet v4: A large, integrated, open and transparent database for food bacterial communities. Int. J. Food Microbiol. 372, 109696. https://doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2022.109696
  • Parente, E., Zotta, T., Giavalisco, M., Ricciardi, A., 2023. Metataxonomic insights in the distribution of Lactobacillaceae in foods and food environments. Int J Food Microbiol 391, 110124. https://doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2023.110124
  • Parente, E., Ricciardi, A., 2024. A Comprehensive View of Food Microbiota: Introducing FoodMicrobionet v5. Foods 13, 1689. https://doi.org/10.3390/foods13111689
  • Ricciardi, A., López, F.N.A., Giavalisco, M., Pietrafesa, R., Parente, E., 2025. Determining the core bacterial and fungal genera in table olive fermentations. Int. J. Food Microbiol. 442, 111344. https://doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2025.111344

Fondamenti di analisi del rischio degli alimenti – AA 2025-2026 – Inizio corsi

Il corso di Fondamenti di Analisi del Rischio degli Alimenti degli per il Corso di Laurea Magistrale in Scienze e Tecnologie Alimentari inizierà il giorno 1 ottobre 2025 nell’aula A15 alle 9.30 e proseguirà con il seguente orario:

  • martedì 11.30-13.30 aula A15
  • mercoledì 9.30-11.30 aula A15

Gli studenti devono iscriversi autonomamente alla piattaforma di e-learning seguendo questo link a partire dal 1/10/2026.

Inoltre gli studenti devono autonomamente iscriversi al gruppo Google del corso.

Microbiologia degli alimenti, AA 2025-2026, inizio corsi

Il corso di Microbiologia degli Alimenti per il Corso di Studi in Tecnologie Alimentari inizierà il giorno 1 ottobre 2025 nell’aula A7 alle 11.30 e proseguirà con il seguente orario:

  • mercoledì 11.30-13.30 aula A16
  • giovedì 11.30-13.30 aula A16

Gli studenti devono iscriversi autonomamente alla piattaforma di e-learning seguendo questo link a partire dal 1/10/2026.

Inoltre gli studenti devono autonomamente iscriversi al gruppo Google del corso.

Advances in the microbiology of table olives: Meet links to the workshop sessions

If you are attending remotely to the meeting you can connect to the following links:

Netiquette: Unfortunately, Meet only allows direct access to the meetings if you have an invitation and if you are logged to your browser with the address which received the invitation. Since this is not practical (most people would incorrectly set their browser) you will be able to participate as a guest. Please join with your microphone muted by clicking on the link of the active session (you can activate your microphone during the question time), a moderator will let you in as soon as possible. This will usually happen within 1-2 minutes: if it doesn’t close the connection and join again. If your microphone is active during a talk, if you are not a speaker for that session your microphone will be muted by the videoconference moderator; if you turn it on again we will be forced to close your connection. You can keep your video feed on if you wish but, since all sessions will be recorded and made available on the workshop web page, we assume that if your video is on, you accept that your streaming is included in the recording.

e-posters will be shown in a loop during the e-poster sessions with the following schedule (clicl on the title to download the poster):

SessionAuthorsCorresponding author affiliationTitle
1/9/2025 13:30-14:00 Poster viewing https://meet.google.com/snw-ofsz-xbvPietrafesa, R. (1)*, Ricciardi, A. (1), Alessandra De Vivo (2), Labella, Maria Grazia (1), Parente, E. (1)Università degli Studi della Basilitaca, DAFECulturable yeasts in table olives: the METAolive collection
1/9/2025 13:30-14:00 Poster viewing https://meet.google.com/snw-ofsz-xbvPietrafesa, R. (1)*, Ricciardi, A. (1), De Vivo. A. (2), Labella, Maria Grazia (1), Parente, E. (1)Dept. of Agricultural, Food, Forestry and Environmental Sciences, University of Basilicata, Potenza, ItalyWL (Wallerstein Laboratory) Nutrient Agar of any use in differentiation of colonies of yeasts from table olives?
1/9/2025 13:30-14:00 Poster viewing https://meet.google.com/snw-ofsz-xbvParente, E. (1)*, Arroyo López, F. N. (2), Ricciardi, A. (1)Dept. of Agricultural, Food, Forestry and Environmental Sciences, University of Basilicata, Potenza, ItalyOliveFMBN: an extensively annotated database of the microbiota of table olives
1/9/2025 13:30-14:00 Poster viewing https://meet.google.com/snw-ofsz-xbvParente, E.(1), Ricciardi, A.1)*, Labella Maria Grazia (1)Dept. of Agricultural, Food, Forestry and Environmental Sciences, University of Basilicata, Potenza, ItalyModelling the effect of NaCl on the growth of selected Lactiplantibacillus pentosus strains.
1/9/2025 13:30-14:00 Poster viewing https://meet.google.com/snw-ofsz-xbvAlfonzo, A. (1)*, Alongi, D. (1), Perricone, G. (1), Naselli, V. (1), Irene, D. (1), Viola, E. (1), La Croce, F. (2),  Settanni, L. (1), Moschetti, G. (1), Francesca, N. (1)Department of Agricultural, Food and Forest Sciences (SAAF), University of Palermo, Viale delle Scienze, Building 5, 90128, Palermo, ItalyBioprotection of Nocellara del Belice table olives: effects of Candida boidinii LC1 and Candida norvegica OC10 under different thermal storage conditions
1/9/2025 16:30 – 17:00 Poster viewing https://meet.google.com/knm-sbpx-suoAlongi, D. (1)*, Perricone, G. (1), Pirrone, A. (1), Naselli, V. (1), Azzurra, V. (1), Micaela, C. (1), Settanni, L. (1), Moschetti, G. (1), Francesca, N. (1), Alfonzo, A. (1)Department of Agricultural, Food and Forest Sciences (SAAF), University of Palermo, Viale delle Scienze, Building 5, 90128, Palermo, ItalyBioprotective co-inoculation strategies for optimising the fermentation of Nocellara del Belice table olive
1/9/2025 16:30 – 17:00 Poster viewing https://meet.google.com/knm-sbpx-suoBonatsou, S. (1), Panagou,E.Z. (1)(1) Laboratory of Microbiology and Biotechnology of Foods, Department of Food Science and Human Nutrion, Agricultural University of Athens, Athens, GreeceControlled Fermentation of Kalamata Olives Using Multifunctional Yeast Starters: The Role of Yeasts in Enhancing Process Control and Product Stability
1/9/2025 16:30 – 17:00 Poster viewing https://meet.google.com/knm-sbpx-suoMartínez, A.(1), Pérez-Nevado, A.(2)(3)*, Ramírez, M.(1)Dept. de Producción Animal y Ciencia de los Alimentos, Universidad de Extremadura, Badajoz, Spain.Co-Inoculation of Lachancea thermotolerans and Lactobacillus plantarum enhances the Fermentation and Quality of Spanish-Style Table Olives
1/9/2025 16:30 – 17:00 Poster viewing https://meet.google.com/knm-sbpx-suoAMIN, A. (1) *, AMIN, S. (1), PASHA, I. (1)National Institute of Food Science and Technology, Faculty of Food Nutrition and Home Sciences, University of Agriculture, Faisalabad, PakistanIntegrative Microbiome Engineering and Nanobiotechnology Approaches for Precision-Controlled Fermentation of Table Olives
2/9/2025 11:30 – 12:00 Poster viewing https://meet.google.com/kqr-hxvy-dhpKazou, M. (1)*, Psarafti, A. (1), Papantoni, A. (2), Mallouchos, A. (2), Panagou, E.Z. (1)Laboratory of Microbiology and Biotechnology of Foods, Department of Food Science and Human Nutrition, School of Food and Nutritional Sciences, Agricultural University of AthensThe impact of different starter cultures on the microbiome and volatilome profile of cv. Kalamata natural black olives during fermentation
2/9/2025 11:30 – 12:00 Poster viewing https://meet.google.com/kqr-hxvy-dhpTsobi, I.(1)*, Kazou, M.(1), Panagou, E.Z. (1)Laboratory of Microbiology and Biotechnology of Foods, Dept. of Food Science and Human Nutrition, School of Food and Nutritional Sciences, Agricultural University of Athens, Athens, GreeceImpact of partial substitution of NaCl with KCl on the microbial dynamics and physicochemical attributes of Kalamata natural black olives fermented at semi-industrial scale
2/9/2025 11:30 – 12:00 Poster viewing https://meet.google.com/kqr-hxvy-dhpOikonomou, M.V.(1) *, Kollia, E.(1), Roumani, F.(1), Panagou, E.Z. (2) Dasenaki, M. (1),  Valdramidis, V. (1)(1) Dept. of Chemistry, Food Chemistry, National and Kapodistrian University of Athens,  Greece  (2) Dept. of Food Science and Human Nutrition, Argicultural University of AthensMicrobial and Physico-chemical Dynamics During the Fermentation of Conservolea  and Kalamàta table olives

If you are attending in person or remotely and you want to pose questions to the corresponding author of the poster, you will need to do so during that session. It is safer if you send an email to the corresponding author of the poster. The e-mails are available in the abstract book.

The water kefir contest.

C’è fermento qui in Unibas (almeno nel laboratorio di Microbiologia industriale) e quindi partiamo con un piccolo, frizzante e saporito progetto di citizen science. Nel corso di quest’anno vi sfiderò a preparare, in casa, dei cibi fermentati selvaggi, per poi darci appuntamento da qualche parte per assaggiarli e premiare quelli più buoni o fantasiosi. Poi chissà, ne potete fare persino un business
Intorno alle “fermentazioni selvagge” gira tutta una mitologia del salutare, del probiotico, del naturale (provate a cercare “fermentazioni” o “fermentazioni selvagge”, con tutte le loro variazioni in inglese nei vostri social preferiti). Magari non tutto è oro quello che luccica ma sicuramente ci si può divertire spendendo poco. E, siccome io sarei professore di microbiologia (ancora per pochi anni) magari sono un po’ più titolato a parlarne delle migliaia di siti commerciali o amatoriali che affollano la rete.

Il kefir d’acqua.
Per farla semplice iniziamo da qualcosa di veramente elementare, il kefir d’acqua. In breve, è una bevanda fermentata frizzante, lievemente acidula, fruttata, con un bassissimo tasso di alcool, che viene prodotta fermentando zucchero, frutta secca e frutta fresca con i granuli del kefir d’acqua, che sono un’associazione di batteri e lieviti (qualcuno le chiama SCOBY Symbiotic COmmunity of Bacteria and Yeasts) intrappolati in una matrice trasparente formata da polisaccaridi prodotti proprio dai batteri a partire dallo zucchero. Se volete saperne di più basta chiedere (ma chiedere bene) al vostro Large Language Model preferito (Gemini, ChatGPT) o leggere uno dei tanti libri splendidamente illustrati, scritti da cuochi e mistici sulle fermentazioni selvagge. Se invece volete cose più serie provate:


Moretti, A.F., Moure, M.C., Quiñoy, F., Esposito, F., Simonelli, N., Medrano, M., León-Peláez, Á., 2022. Water kefir, a fermented beverage containing probiotic microorganisms: From ancient and artisanal manufacture to industrialized and regulated commercialization. Futur. Foods 5, 100123. https://doi.org/10.1016/j.fufo.2022.100123.

La nomenclatura è un po’ vecchia, ma i microrganismi non si offendono…;
in alternativa:


Lynch, K.M., Wilkinson, S., Daenen, L., Arendt, E.K., 2021. An update on water kefir. Int J Food Microbiol 345, 109128. https://doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2021.109128

Come farlo
Una ricetta per preparare il kefir d’acqua è (le quantità sono riferite ad un litro di acqua):

  • 1 fico secco (in realtà io ne ho comprati di piccoli, ne metterò un tre)
  • 1 cucchiaio di zucchero di canna ogni ½ litro di acqua (se volete essere precisi sono 15-20 g per cucchiaio da tavola, quindi direi un 40 g/l al massimo)
  • un quarto di arancia biologica
  • 20 g di granuli (un cucchiaio?) per litro (I granuli si possono comprare, come ho fatto io, a caro prezzo, o, se leggete ancora, potete vedere come ottenerli da noi)


Ci sono molte altre ricette e sicuramente vale la pena di sperimentare (che tipo di zucchero, che tipo di frutta secca? che tipo di agrumi? e se aggiungo succo di frutta? spezie?) ed è proprio quello che speriamo che facciate.
Gli ingredienti si mettono in acqua non clorata (potete usare acqua filtrata con una caraffa filtrante, acqua minerale non frizzante, acqua bollita e raffreddata) e si lasciano fermentare in un barattolo di vetro chiuso, ma non ermetico per circa 48 h a 20°C. Per giudicare se la fermentazione è finita potete basarvi sui seguenti elementi: il liquido dovrebbe essere chiaramente frizzante (spesso con un po’ di schiuma molto fine, come quella di una birra, sulla superficie); il sapore da dolce, dovrebbe diventare acidulo e fruttato; generalmente la frutta secca e fresca sale in superficie al termine della fermentazione.
Al termine della fermentazione si possono recuperare i granuli con un colino a maglia fine per riutilizzarli, dopo averli lavati in acqua (vedi sopra).
Gli agrumi, se li usate, possono essere spremuti nel liquido residuo che deve essere imbottigliato in bottiglia con tappo a pressione e conservato in frigo, dove continuerà lentamente a fermentare; una puntina di zucchero potrebbe renderlo più frizzante.
I granuli si possono conservare in frigo così come sono per brevissimi periodi o il acqua con un cucchiaino di zucchero in un barattolo chiuso (va bene un barattolo da 200 ml) per periodi più lunghi. Granuli conservati a lungo hanno bisogno di qualche ciclo di riattivazione per funzionare al meglio.
In realtà temperature fra 15 e 25°C dovrebbero andare bene. Se volete vedere come lo abbiamo preparato noi (con un po’ di foto, che non guasta) potete seguire la pagina Facebook de “Il cibo che vorrei”.

Il progetto di citizen science e il contest.

Siccome, ancora per poco (dopo, pensione, musica, tanti viaggi), sono uno scienziato vi vorrei coinvolgere in un piccolo progetto di citizen science: oltre ad essere divertente, aumenterà la vostra consapevolezza sui processi di fermentazione. Alla fine, verso giugno, vedreremo come organizzare una piccola giornata di assaggio e premiazione dei prodotti meglio riusciti.
Chi può partecipare? Chiunque possa venire a ritirare di persona i granuli di kefir (lo starter) o riesca ad ottenerli, attraverso una catena di Sant’Antonio (che però vada documentata) da qualche partecipante (amici, parenti, …)
Cosa fare: una volta ritirati i granuli, scaricate questo file e, per ogni ciclo di fermentazione (potreste voler fare il kefir una volta ogni due giorni, una volta alla settimana, o scocciarvi molto presto) dovete registrare i dati richiesti nella tabella (magari poi mettiamo un piccolo video sulla pagina Facebook. Potete usare la pagina Facebook per postare foto, ricette, per raccontare le vostre impressioni.
Per il resto: restate sintonizzati… all’improvviso organizzeremo un flash mob da qualche parte…