Risorse per la microbiologia predittiva

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La microbiologia predittiva (o ecologia microbica quantitativa degli alimenti) è una branca della microbiologia degli alimenti che ha subito un rapido sviluppo a partire dagli anni ’80 del secolo scorso. La microbiologia predittiva sviluppa metodi e modelli per predire crescita, sopravvivenza e inattivazione dei microrganismi negli alimenti. I modelli, e le loro predizioni, possono essere integrati in analisi del rischio microbiologico semiquantitative e quantitative. In questo post (che cercherò di mantenere aggiornato per quanto possibile) riporterò i collegamenti ad alcuni database strumenti software (generalmente on line, anche se qualcuno è disponibile come software stand-alone) utilizzabili per applicazioni di microbiologia predittiva.

Risorse sull’epidemiologia delle tossinfezioni alimentari:

  1. RASFF: il portale di allerta rapida dell’Unione Europea. Consente di eseguire ricerche per selezionare gli allerta diffusi dagli stati membri, relativi al superamento di criteri microbiologici, all’occorrenza di episodi epidemici e ad altre situazioni di pericolo.
  2. ECDC: la pagina dell’European Center for Disease Control and Prevention sulle tossinfezioni alimentari (e sulle malattie veicolate dall’acqua), una risorsa importante per l’analisi del rischio
  3. EFSA: The European Union summary report on trends and sources of zoonoses, zoonotic agents and food-borne outbreaks in 2017, un report fondamentale per comprendere la diffusione dei patogeni lungo tutta la catena alimentare con particolare riferimento agli animali da allevamento e non
  4. FOSCOLLAB: la piattaforma collaborativa sulla sicurezza alimentare della FAO/WHO

Risorse sulla microbiologia predittiva:

  1. Combase: il principale portale di risorse per la microbiologia predittiva. Una volta creato un account (gratuito) potete esplorare il database che raccoglie dati sugli esperimenti di microbiologia predittiva realizzati da scienziati e industrie, utilizzare ComBase predictor per predire crescita e inattivazione di microrganismi, e raggiungere molte altre risorse on line. Esiste una versione Premium di Combase che potrebbe non essere accessibile a tutti gli utenti. Questa versione rende disponibile, oltre a numerosi modelli relativi ad alimenti, una versione online di RiskRanger, un software per la valutazione del rischio semiquantitativa.
  2. Pathogen Modelling Program online: un’altra interfaccia di modelli per crescita e inattivazione.
  3. Microbial Response Viewer: una risorsa online che usa i record di Combase per costruire modelli per la probabilità di crescita di microrganismi rilevanti per la sicurezza o la qualità in funzione di temperatura, pH o aW (fra le altre cose)
  4. Lemgo: un database di dati sull’inattivazione termica di microrganismi

Giornata mondiale della biodiversità

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In occasione della giornata mondiale della biodiversità i docenti di microbiologia della Scuola SAFE organizzano due webinar, per promuovere i valori della tutela della biodiversità (microbica) e presentare i metodi di punta per lo studio della biodiversità.

  • Dr.ssa Teresa Zotta – Prof.ssa Angela Capece. La biodiversità microbica come risorsa della Terra. Sabato 22 maggio 2021, 10.30-11.30. Partecipa con Meet: https://meet.google.com/gtg-irnp-ykq. Il seminario, a carattere divulgativo, illustrerà il potenziale industriale della biodiversità microbica e il ruolo delle Collezioni di colture nella tutela della biodiversità. È destinato a studenti e docenti delle scuole secondarie superiori, a studenti universitari di corsi di studio correlati alle scienze e tecnologie alimentari, biotecnologie, e scienze ambientali, ma anche a stakeholders del sistema agro-alimentare (consorzi di tutela di prodotti tipici, associazioni di produttori, associazioni di consumatori)
  • Prof. Eugenio Parente. Diversi dentro: approcci e metodi per lo studio del microbioma. Sabato 22 maggio 2021, 12.00-12.30. Partecipa con Meet: https://meet.google.com/pit-ypus-etq. Il seminario, a carattere tecnico, illustrerà i metodi -omici per lo studio della biodiversità microbica, con particolare attenzione allo studio del microbioma umano e animale. E’ destinato a ricercatori che si occupa di medicina, biologia, tecnologie alimentari, veterinaria, ma anche di scienze ambientali, studenti di lauree magistrali o a ciclo unico di Biotecnologie, Farmacia, Scienze e Tecnologie Alimentari, Scienze e Tecnologie Agrarie, Medicina veterinaria, Medicina e Chirurgia, docenti di discipline scientifiche nelle Scuole Secondarie Superiori. La presentazione in Powerpoint può essere scaricata qui.

Per partecipare è sufficiente accedere ai link Meet usando qualsiasi browser.

I seminari fanno parte del ciclo di iniziative di public engagement SAFE41Health, che hanno lo scopo di promuovere e illustrare il ruolo delle scienze agrarie, alimentari e forestali, nell’approccio globale alla tutela della salute degli ecosistemi, degli animali e dell’uomo (One health).

Statistical computing with R – fuori dai muri

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Il corso “Statistical computing with R” per l’AA 2020-2021 è ormai alla sua terza lezione e, credo, può servire a dimostrare che, con un po’ di voglia e di fantasia, si può uscire dai muri (metaforicamente) del nostro piccolo Ateneo per raggiungere studenti in tutto il mondo. Il corso ha 125 iscritti, da 27 paesi diversi (dalla Norvegia al Sud Africa, dal Portogallo al Vietnam). Ognuno segue come può e come vuole, in un blend di Meet, videolezioni off-line e piattaforma di e-learning.

Bibliography PRIN2020 proposal 2020BBF4CE

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Inizio (e orario) delle lezioni, AA 2020-2021

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Attenzione: ad oggi, 1/10/2020, per ragioni indipendenti dalla mia volontà non sono in grado di dire come inizierò le lezioni il giorno 5/10/2020. Farò di tutto per erogarle sia in aula che via Meet (https://meet.google.com/wrv-txds-cwm). Se questo non sarà possibile credo sia più sicuro erogarle solo a distanza per non penalizzare gli studenti che non possono raggiungere la sede. Pubblicherò aggiornamenti su questo sito e invierò messaggi agli studenti che si sono registrati al corso.

Le lezioni del corso di Microbiologia degli alimenti 12 cfu (Laurea in Tecnologie alimentari) inizieranno il giorno 7/10/2020 alle ore 11.30 presso l’aula A3 (Campus di Macchia Romana) e proseguiranno con il seguente orario:

  • mercoledì 11.30-13.30 aula A3
  • giovedì 11.30-13.30 aula A3

Le lezioni del corso di Sicurezza e conservazione degli alimenti 9 cfu (Laurea Magistrale in Scienze e Tecnologie Alimentari) inizieranno il giorno 5/10/2020 alle ore 9.30 presso l’aula A12 (Campus di Macchia Romana) e proseguiranno con il seguente orario:

  • lunedì 11.30-13.30 aula A12
  • martedì 11.30-13.30 aula A12
  • giovedì 9.30-11.30 aula A12

Per le modalità di erogazione della didattica vedi questo post.

In ogni caso il link per partecipare alle videoconferenze Meet a distanza per la prima lezione è:

Attenzione: gli studenti sono invitati a leggere con attenzione il Decreto Rettorale n 332 e relativi allegati.

Sicurezza e conservazione degli alimenti AA 2019-2020: le vostre opinioni.

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Personalmente, credo nella trasparenza, quindi non ho nessuna difficoltà a pubblicare qui il report sui questionari sulle opinioni degli studenti per l’AA 2019-2020. Ricordo che, a causa dell’emergenza CoViD19 le lezioni del secondo semestre si sono svolte in modalità a distanza.

questionarioSiconal_2019_2020Download

Alcune considerazioni:

  • ignorate il fatto che il questionario compaia come AA2018-2019 (dipende dal fatto che è stato erogato nel 1° semestre)
  • la totalità degli studenti affermano che le conoscenze preliminari fossero sufficiente; me ne rallegro, anche se i risultati del test di ingresso farebbero pensare altrimenti
  • circa il 18% ritiene il carico didattico non adeguato: non sono d’accordo, credo fermamente che studenti con preparazione adeguata possano tranquillamente affrontare il corso lavorando esattamente per 9 cfu; prova ne è che il 100% degli studenti supera (al netto della consegna del progetto) l’esame scritto di fine corso
  • il suggerimento più frequente (di conseguenza) è quello di alleggerire il carico didattico. Non sono d’accordo (vedi sopra) ma cambierò l’impostazione, spostando l’enfasi sul problem solving (è un corso di magistrale) piuttosto che sulla quantità di nozioni da apprendere (che però pure servono). Secondo me questo potrebbe richiedere un impegno maggiore ma è sicuramente più funzionale alla formazione dei Tecnologi alimentari.

Microbiologia degli alimenti 2019-2020: le vostre opinioni

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Personalmente, credo nella trasparenza, quindi non ho nessuna difficoltà a pubblicare qui il report sui questionari sulle opinioni degli studenti per l’AA 2019-2020. Ricordo che, a causa dell’emergenza CoViD19 le lezioni del secondo semestre si sono svolte in modalità a distanza.

questionarioMAL12_2019_2020Download

In generale sono abbastanza soddisfatto (la valutazione è largamente positiva, e quindi eravate soddisfatti anche voi). Però credo sia giusto che io commenti alcune delle risposte:

  • Per la domanda sul livello delle vostre conoscenze preliminari avete sicuramente mentito, visto che tutti, indistintamente, avete ottenuto punteggi molto bassi al test di ingresso, mentre qui il 90% sostiene che le conoscenze siano almeno parzialmente adeguate
  • Mi dispiace che il 25% di voi abbiano risposto “più sì che no” alle due domande sulla disponibilità del materiale didattico: come ben sapete tutti il materiale didattico era disponibile sulla piattaforma Moodle, anche con ampio anticipo sulle lezioni (il naso si allunga…)
  • Circa il 12% sostiene che le modalità di esame non fossero definite in modo chiaro: le modalità di esame erano illustrate con chiarezza nella scheda di trasparenza, sulla mia pagina web e sono state ampiamente illustrate a lezione; se non avete capito è perché non avete chiesto spiegazioni.
  • Circa il 44% sostiene che l’insegnamento avete alcuni elementi di ripetitività. Ma, cari ragazzi, qui le scelte sono due: o devo assumere che voi abbiate i prerequisiti (ampiamente illustrati nella scheda di trasparenza) e andare avanti con le spiegazioni anche se voi evidentemente non mi state seguendo o sono costretto a ripetere le cose che evidentemente non sapete (vedi sopra) per permettervi di capire quello di nuovo che dirò.
  • C’è qualche piccola contraddizione nelle vostre risposte sul rispetto degli orari di lezione e sulla mia puntualità: è capitato decisamente molte volte che io aspettassi voi, non credo sia capitato quasi mai che voi aspettaste me (se per qualche ragione le lezioni sono sate spostate per questioni di lavoro vi è sempre stato comunicato in anticipo).
  • Sulla mia reperibilità non voglio dire proprio niente, tanto è ridicola la risposta di quei pochi che hanno usato il termine “spesso” invece che sempre. Io, a differenza di quello che potete credere, sono a vostra disposizione negli orari di ricevimento, non in altri orari, eppure ho risposto ad e-mail in giorni e orari improbabili.
  • Fra i suggerimenti ci sono un 25% che chiedono di alleggerire il carico didattico (mi dispiace ma meno di così non si può, è un corso di 12 cfu e poi la maggior parte di voi ha detto che il carico didattico corrisponde ai cfu, quindi mettetevi d’accordo), un 12,5% che chiedono di fornire conoscenze di base (ma come, e se non volete ripetizioni come faccio?) e un 12,5% che dicono di migliorare il coordinamento con altri insegnamenti (ci proverò).