FoodMicrobionet 4.2.1 is now available

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I have just released a new version of FoodMicrobionet. Version 4.2.1 includes 233 studies and 13895 food and food environment samples. New tables have been added (Abstracts table) and metadata for studies (a study_type field now provides a classification in longitudinal cross-sectional or mixed for the study design) have been improved. You can access the new version:

  • on GitHub: data in the the_real_thing folder, plus a bunch of scripts
  • on Zenodo: here you can find the mindata files, with ASV sequences
  • on Mendeley data (the most recent version is in moderation, reserved DOI 10.17632/8fwwjpm79y.8)

Share (using the DOIs provided by Mendeley data and Zenodo) and enjoy. You can find the most recent publications on FMBN here.

pigR

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“pigR: R per pigri” è stato finalmente pubblicato. Lo trovate qui. Potete scaricare una copia del libro (basta scaricare l’intera cartella dal nome pigR_251123) o il codice dei singoli capitoli nel mio repository GitHub. Grazie:

  • alla persona che più di tutte mi sopporta
  • al Prof. Fulvio Delle Donne, coordinatore del comitato scientifico di Basilicata University Press
  • agli editori anonimi che hanno avuto la pazienza di leggere le bozze

Spero vi piaccia e, soprattutto, che sia utile nel tempo (abbastanza breve) che ci metterà ad essere obsoleto.

Sicurezza e conservazione degli alimenti, AA2024-2025. Inizio corsi.

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Le lezioni per il corso di Sicurezza e conservazione degli alimenti inizieranno il giorno 1/10/2024 alle ore 9.30 presso l’aula A15 e proseguiranno con il seguente orario:

  • martedì 9:30-11:30 aula A15
  • mercoledì 15:00-17:00 aula A15
  • giovedì 9:30-11:30 aula A15

Appena possibile verranno inseriti gli orari e i luoghi per le esercitazioni in aula di informatica

Gli studenti devono iscriversi autonomamente alla piattaforma di e-learning: https://learning.unibas.it/moodle/course/view.php?id=62

Gli studenti devono iscriversi autonomamente al gruppo Google del corso: https://groups.google.com/a/unibas.it/g/siconal2425_list

Microbiologia degli alimenti, inizio corsi AA 2024-2025

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Il corso di Microbiologia degli alimenti per l’AA 2023-2024 inizierà il giorno 2 ottobre 2024 nell’aula A3 alle 11.30 e proseguirà con il seguente orario:

  • martedì 11.30-13.30 aula A3
  • mercoledì 11.30-13.30 aula A3

Gli studenti devono iscriversi autonomamente alla piattaforma di e-learning seguendo questo link.

Inoltre gli studenti devono autonomamente iscriversi al gruppo Google del corso.

pigR: R, per pigri

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Da un po’ di tempo sto scrivendo un manualetto su R per studenti pigri o frettolosi. L’ultima versione la trovate qui. Il libbriccino, in formato gitbook, è ormai completo e quello che vedete è un preprint della versione che, auspicabilmente, verrà pubblicata presto con Basilicata University Press, che ringrazio. Se vi fa piacere, visitate la pagina Facebook di questo progetto e mettete un mi piace (anche se penso che mi sposterò su social meno invasivi di Meta/Facebook)

New Foodmicrobionet publication

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Our last publication obtained using data in FoodMicrobionet is:
Parente, E., Zotta, T., Giavalisco, M., Ricciardi, A., 2023. Metataxonomic insights in the distribution of Lactobacillaceae in foods and food environments. Int J Food Microbiol 110124. https://doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2023.110124
The code is pretty general and the work can be easily replicated for any other microbial group in FoodMicrobionet.
You can download a free .pdf (until 5/4/2023) here https://authors.elsevier.com/a/1gerCcF3iFHfL

Microbiologia degli alimenti 2021-2022 report delle opinioni degli studenti

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Ecco qui il report sui questionari delle opinioni degli studenti. I risultati saranno commentati in aula. Come ogni anno ci sono delle significative differenze fra la realtà e la vostra percezione. devo pregarvi ancora una volta di compilare i questionari con attenzione: se inserite informazioni inesatte o false è difficile usare i questionari per effettuare degli aggiustamenti alle modalità di erogazione della didattica. In particolare, come spiegato durante il corso, è impossibile eliminare quelli che percepite come elementi di ripetitività e che sono ben segnalati durante il corso per le seguenti ragioni:
  • è sostanzialmente impossibile coordinare i contenuti con quelli erogati dai corsi tenuti a contratto
  • è molto difficile coordinare i contenuti con quelli di altri docenti
  • è necessario ripetere materiale che dovreste già conoscere da altri corsi ma che non conoscete (come dimostrato dalle domande in classe e dai test di ingresso)
AGR0034_21_22

If you are here

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If you are here it is because an outlink from FoodMicrobionet v1.1 or above is incomplete because of missing information (unpublished papers, sequences not available in ENA or SRA, unidentified OTU nodes).

Giornata mondiale dell’alimentazione

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Il 16 ottobre è la Giornata mondiale dell’alimentazione, promossa dalla FAO. E’ un momento importante per ragionare sulla sostenibilità dei sistemi alimentari, sulla loro resilienza, e sulla sicurezza alimentare (intesa come disponibilità di cibo nutriente per tutti*). Vi suggerisco di partecipare di persona o assistere in diretta streaming all’evento promosso dall’Ordine dei Tecnologi di Basilicata e Calabria presso Magazzini Sociali, Via Racioppi, 10, Potenza. Il tema dell’evento è: Sicurezza alimentare, salute, solidarietà e sostenibilità: il futuro dell’alimentazione è nelle nostre mani. Per dettagli e novità seguite l’evento sulla pagina dell’ordine e sulla pagina Facebook de “Il Cibo che vorrei”.