pigR, seconda edizione

La seconda edizione di “pigR: R per pigri”, edito dalla Basilicata University Press è disponibile a questo link. A differenza della prima edizione, dalla versione on-line è possibile accedere anche alle versioni .pdf e ePub. Il codice è disponibile nel repository su GitHub.

Dalla copertina: Questo materiale (pigR: R per pigri) nasce da diversi anni di esperienza (frustrante) di insegnamento di corsi di “Statistical computing with R”1 per dottorandi di ricerca. È destinato soprattutto a chi si occupa di scienze sperimentali e parte da una conoscenza limitata sia della statistica che dell’uso di linguaggi e ambienti di programmazione, e ha la necessità (per varie ragioni) di passare a qualcosa di più complesso, e di farlo nel minor tempo possibile. Il testo potrebbe anche essere utile a chi si occupa di digital humanities.

L’idea è:

  • fornire una visione di insieme di R come linguaggio/ambiente e della sua utilità
  • aiutare gli utenti (potenziali) a individuare le proprie necessità
  • fornire percorsi guidati per set di necessità “standard” e per livelli diversi di interazione, indicando agli utenti le risorse migliori (ovviamente, le migliori secondo me)

L’approccio è quello di fornire il minimo indispensabile di informazioni per consentire un apprendimento rapido ed efficace, ma, al tempo stesso, tracciare una sorta di mappa (soprattutto con l’uso di hyperlink e note2) per navigare in quel Mare magnum che è la documentazione (libri, siti web, forum, etc.) su R come linguaggio e sull’analisi grafica e statistica con R per le scienze sperimentali e non solo. Si tratta quindi di un approccio sostanzialmente pragmatico che probabilmente farà arricciare più di un naso (e qualche coda), ma la mia sincera speranza è che risparmi qualche esperienza frustrante.
Anche per queste ragioni ho preso la (sofferta) decisione di spostare il capitolo sul data wrangling e sulla programmazione alla fine del libro. Molti testi online (come Just enough RYaRrr!, etc.), che hanno lo scopo di permettere agli utenti di iniziare a usare R per la grafica e per la statistica il più rapidamente possibile, non hanno un capitolo specifico sulla programmazione e sul data wrangling. Al contrario, altri, con maggiore enfasi sulla scienza dei dati (come R for data science, o Statistical inference via data science) dedicano capitoli specifici a questi argomenti. Infine, negli ultimi anni l’esplosione dei Large Language Models come ChatGPT, Gemini e, in particolare Claude, oltre all’integrazione di assistenti basati sull’intelligenza artificiale in tutti i principali software e ambienti di programmazione3 hanno illusoriamente semplificato la scrittura di codice per l’analisi dei dati per i principianti (e anche, perché no, dei professionisti). Diventa quindi sempre più difficile convincere i più pigri che, anche per usare un assistente AI, qualcosa di programmazione bisogna capirla… Nella mia esperienza, gli utenti più inesperti e privi di un background in informatica trovano la parte sulla programmazione “respingente”, anche quando sono interessati a usare R per l’elaborazione statistica, probabilmente perché non ne riescono a comprendere l’utilità. Per questo illustrerò, quando serve, qualche funzione essenziale per la manipolazione dei dati e la programmazione e lasciando alla fine il resto (che poi è tanta roba).
Una nota finale sugli esempi: per comprendere l’uso di R occorre studiare degli esempi di codice, che includono l’uso di set di dati. R base e tutti i pacchetti includono questi set di dati che solo raramente sono dati collegati in qualche modo alle diverse branche della biologia4. Per semplificare le cose e diminuire il rischio che i dati proposti in questo libro scompaiano, ho preferito usare set di dati inclusi nei pacchetti di R.

The water kefir contest.

C’è fermento qui in Unibas (almeno nel laboratorio di Microbiologia industriale) e quindi partiamo con un piccolo, frizzante e saporito progetto di citizen science. Nel corso di quest’anno vi sfiderò a preparare, in casa, dei cibi fermentati selvaggi, per poi darci appuntamento da qualche parte per assaggiarli e premiare quelli più buoni o fantasiosi. Poi chissà, ne potete fare persino un business
Intorno alle “fermentazioni selvagge” gira tutta una mitologia del salutare, del probiotico, del naturale (provate a cercare “fermentazioni” o “fermentazioni selvagge”, con tutte le loro variazioni in inglese nei vostri social preferiti). Magari non tutto è oro quello che luccica ma sicuramente ci si può divertire spendendo poco. E, siccome io sarei professore di microbiologia (ancora per pochi anni) magari sono un po’ più titolato a parlarne delle migliaia di siti commerciali o amatoriali che affollano la rete.

Il kefir d’acqua.
Per farla semplice iniziamo da qualcosa di veramente elementare, il kefir d’acqua. In breve, è una bevanda fermentata frizzante, lievemente acidula, fruttata, con un bassissimo tasso di alcool, che viene prodotta fermentando zucchero, frutta secca e frutta fresca con i granuli del kefir d’acqua, che sono un’associazione di batteri e lieviti (qualcuno le chiama SCOBY Symbiotic COmmunity of Bacteria and Yeasts) intrappolati in una matrice trasparente formata da polisaccaridi prodotti proprio dai batteri a partire dallo zucchero. Se volete saperne di più basta chiedere (ma chiedere bene) al vostro Large Language Model preferito (Gemini, ChatGPT) o leggere uno dei tanti libri splendidamente illustrati, scritti da cuochi e mistici sulle fermentazioni selvagge. Se invece volete cose più serie provate:


Moretti, A.F., Moure, M.C., Quiñoy, F., Esposito, F., Simonelli, N., Medrano, M., León-Peláez, Á., 2022. Water kefir, a fermented beverage containing probiotic microorganisms: From ancient and artisanal manufacture to industrialized and regulated commercialization. Futur. Foods 5, 100123. https://doi.org/10.1016/j.fufo.2022.100123.

La nomenclatura è un po’ vecchia, ma i microrganismi non si offendono…;
in alternativa:


Lynch, K.M., Wilkinson, S., Daenen, L., Arendt, E.K., 2021. An update on water kefir. Int J Food Microbiol 345, 109128. https://doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2021.109128

Come farlo
Una ricetta per preparare il kefir d’acqua è (le quantità sono riferite ad un litro di acqua):

  • 1 fico secco (in realtà io ne ho comprati di piccoli, ne metterò un tre)
  • 1 cucchiaio di zucchero di canna ogni ½ litro di acqua (se volete essere precisi sono 15-20 g per cucchiaio da tavola, quindi direi un 40 g/l al massimo)
  • un quarto di arancia biologica
  • 20 g di granuli (un cucchiaio?) per litro (I granuli si possono comprare, come ho fatto io, a caro prezzo, o, se leggete ancora, potete vedere come ottenerli da noi)


Ci sono molte altre ricette e sicuramente vale la pena di sperimentare (che tipo di zucchero, che tipo di frutta secca? che tipo di agrumi? e se aggiungo succo di frutta? spezie?) ed è proprio quello che speriamo che facciate.
Gli ingredienti si mettono in acqua non clorata (potete usare acqua filtrata con una caraffa filtrante, acqua minerale non frizzante, acqua bollita e raffreddata) e si lasciano fermentare in un barattolo di vetro chiuso, ma non ermetico per circa 48 h a 20°C. Per giudicare se la fermentazione è finita potete basarvi sui seguenti elementi: il liquido dovrebbe essere chiaramente frizzante (spesso con un po’ di schiuma molto fine, come quella di una birra, sulla superficie); il sapore da dolce, dovrebbe diventare acidulo e fruttato; generalmente la frutta secca e fresca sale in superficie al termine della fermentazione.
Al termine della fermentazione si possono recuperare i granuli con un colino a maglia fine per riutilizzarli, dopo averli lavati in acqua (vedi sopra).
Gli agrumi, se li usate, possono essere spremuti nel liquido residuo che deve essere imbottigliato in bottiglia con tappo a pressione e conservato in frigo, dove continuerà lentamente a fermentare; una puntina di zucchero potrebbe renderlo più frizzante.
I granuli si possono conservare in frigo così come sono per brevissimi periodi o il acqua con un cucchiaino di zucchero in un barattolo chiuso (va bene un barattolo da 200 ml) per periodi più lunghi. Granuli conservati a lungo hanno bisogno di qualche ciclo di riattivazione per funzionare al meglio.
In realtà temperature fra 15 e 25°C dovrebbero andare bene. Se volete vedere come lo abbiamo preparato noi (con un po’ di foto, che non guasta) potete seguire la pagina Facebook de “Il cibo che vorrei”.

Il progetto di citizen science e il contest.

Siccome, ancora per poco (dopo, pensione, musica, tanti viaggi), sono uno scienziato vi vorrei coinvolgere in un piccolo progetto di citizen science: oltre ad essere divertente, aumenterà la vostra consapevolezza sui processi di fermentazione. Alla fine, verso giugno, vedreremo come organizzare una piccola giornata di assaggio e premiazione dei prodotti meglio riusciti.
Chi può partecipare? Chiunque possa venire a ritirare di persona i granuli di kefir (lo starter) o riesca ad ottenerli, attraverso una catena di Sant’Antonio (che però vada documentata) da qualche partecipante (amici, parenti, …)
Cosa fare: una volta ritirati i granuli, scaricate questo file e, per ogni ciclo di fermentazione (potreste voler fare il kefir una volta ogni due giorni, una volta alla settimana, o scocciarvi molto presto) dovete registrare i dati richiesti nella tabella (magari poi mettiamo un piccolo video sulla pagina Facebook. Potete usare la pagina Facebook per postare foto, ricette, per raccontare le vostre impressioni.
Per il resto: restate sintonizzati… all’improvviso organizzeremo un flash mob da qualche parte…

FoodMicrobionet 4.2.1 is now available

I have just released a new version of FoodMicrobionet. Version 4.2.1 includes 233 studies and 13895 food and food environment samples. New tables have been added (Abstracts table) and metadata for studies (a study_type field now provides a classification in longitudinal cross-sectional or mixed for the study design) have been improved. You can access the new version:

  • on GitHub: data in the the_real_thing folder, plus a bunch of scripts
  • on Zenodo: here you can find the mindata files, with ASV sequences
  • on Mendeley data (the most recent version is in moderation, reserved DOI 10.17632/8fwwjpm79y.8)

Share (using the DOIs provided by Mendeley data and Zenodo) and enjoy. You can find the most recent publications on FMBN here.

Sicurezza e conservazione degli alimenti, AA2024-2025. Inizio corsi.

Le lezioni per il corso di Sicurezza e conservazione degli alimenti inizieranno il giorno 1/10/2024 alle ore 9.30 presso l’aula A15 e proseguiranno con il seguente orario:

  • martedì 9:30-11:30 aula A15
  • mercoledì 15:00-17:00 aula A15
  • giovedì 9:30-11:30 aula A15

Appena possibile verranno inseriti gli orari e i luoghi per le esercitazioni in aula di informatica

Gli studenti devono iscriversi autonomamente alla piattaforma di e-learning: https://learning.unibas.it/moodle/course/view.php?id=62

Gli studenti devono iscriversi autonomamente al gruppo Google del corso: https://groups.google.com/a/unibas.it/g/siconal2425_list

Microbiologia degli alimenti, inizio corsi AA 2024-2025

Il corso di Microbiologia degli alimenti per l’AA 2023-2024 inizierà il giorno 2 ottobre 2024 nell’aula A3 alle 11.30 e proseguirà con il seguente orario:

  • martedì 11.30-13.30 aula A3
  • mercoledì 11.30-13.30 aula A3

Gli studenti devono iscriversi autonomamente alla piattaforma di e-learning seguendo questo link.

Inoltre gli studenti devono autonomamente iscriversi al gruppo Google del corso.

pigR: R, per pigri

Da un po’ di tempo sto scrivendo un manualetto su R per studenti pigri o frettolosi. L’ultima versione la trovate qui. Il libbriccino, in formato gitbook, è ormai completo e quello che vedete è un preprint della versione che, auspicabilmente, verrà pubblicata presto con Basilicata University Press, che ringrazio. Se vi fa piacere, visitate la pagina Facebook di questo progetto e mettete un mi piace (anche se penso che mi sposterò su social meno invasivi di Meta/Facebook)

Microbiologia degli alimenti 2021-2022 report delle opinioni degli studenti

Ecco qui il report sui questionari delle opinioni degli studenti. I risultati saranno commentati in aula. Come ogni anno ci sono delle significative differenze fra la realtà e la vostra percezione. devo pregarvi ancora una volta di compilare i questionari con attenzione: se inserite informazioni inesatte o false è difficile usare i questionari per effettuare degli aggiustamenti alle modalità di erogazione della didattica. In particolare, come spiegato durante il corso, è impossibile eliminare quelli che percepite come elementi di ripetitività e che sono ben segnalati durante il corso per le seguenti ragioni:
  • è sostanzialmente impossibile coordinare i contenuti con quelli erogati dai corsi tenuti a contratto
  • è molto difficile coordinare i contenuti con quelli di altri docenti
  • è necessario ripetere materiale che dovreste già conoscere da altri corsi ma che non conoscete (come dimostrato dalle domande in classe e dai test di ingresso)
AGR0034_21_22

Microbiologia degli alimenti, inizio corsi

Il corso di Microbiologia degli alimenti per l’AA 2022-2023 inizierà il giorno 5 ottobre 2022 nell’aula A3 alle 11.30 e proseguirà con il seguente orario:

  • martedì 11.30-13.30 aula A3
  • mercoledì 11.30-13.30 aula A3

Le lezioni si svolgeranno in presenza. Gli studenti possono iscriversi al corso alla piattaforma di e-learning al seguente link: https://learning.unibas.it/moodle/enrol/index.php?id=7. Per effettuare l’iscrizione al corso è necessario essere iscritti alla nuova piattaforma di e-learning. Inoltre gli studenti devono iscriversi autonomamente al gruppo di Google MAL12_2_23 per poter usufruire di altre risorse condivise (calendari, drive). In entrambi i casi è necessario disporre di un account @studenti.unibas.it. In nessun caso saranno iscritti studenti con altri account.

Le norme che regolano la didattica e l’accesso degli studenti sono descritte qui.

Per saperne di più sull’uso delle risorse di GSuite consultare le guide di gruppi, calendari, drive.